W przeciwieństwie do zwykłej punkcji płukanie zatok jest zabiegiem na tyle nieinwazyjnym, że nie wymaga stosowanie żadnego znieczulenia. W fazie przygotowawczej do nosa osoby leczonej zakłada się na kilka minut niewielkie waciki nasączone płynem, który „otwiera” zablokowane ujścia zatok przynosowych. Po ich wyjęciu pacjent kładzie się wygodnie na plecach z lekko odgiętą głową. Siedzący z tyłu lekarz wlewa następnie choremu stopniowo i delikatnie do nosa niewielką ilość wcześniej przygotowanego płynu (płyn ten to najczęściej swego rodzaju koktajl złożony z leków przeciwzapalnych oraz preparatów zmniejszających obrzęk śluzówki i substancji bakteriobójczych). Płyn ten jest następnie odsysany przez drugą dziurkę od nosa za pomocą ssaka.
Cała istota zabiegu jakim jest płukanie zatok nie polega jednak wbrew pozorom na tym, by płyn wlany do nosa przepłynął po prostu z jednej dziurki do drugiej. Dzieje się jeszcze jedna o wiele ważniejsza rzecz. Zawierający leki koktajl wnika mianowicie do zatok przynosowych i wypełnia je wypłukując równocześnie zalegającą tam wcześniej wydzielinę (np.ropną). Takiego efektu jaki oferuje płukanie zatok nie da się dlatego osiągnąć w żaden inny sposób, np. podając leki doustnie czy nawet w zastrzykach.